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Geschichtliche Einordnung

Im Tal der Unstrut, auf der einen Seite von den Wäldern des Hainich und den Hügeln des Eichsfeldes begrenzt, auf der anderen Seite zur Ebene des Erfurter Beckens hin geöffnet, liegt das thüringische Mühlhausen, urkundlich 775 zum erstenmal erwähnt. Als Freie Reichs­stadt gehörte Mühlhausen über viele Jahrhunderte hinweg neben Erfurt und Nordhausen zu den zentralen Orten Thü­ringens. Kirchlich war die Stadt Mühlhau­sen in das Bistum Mainz integriert. Der Deutsche Orden, der die Marienkirche in der Oberstadt und die Divi Blasii Kirche in der Unterstadt baulich vollendete, schuf im 13. Jh. ein ausgeweitetes Stadtwesen, das mit Klosterschulen und Hospizen, mit Märkten und Klosterhöfen heute noch innerhalb der über 2 km langen Stadt­mauer zu bewundern ist. Neben dem Deutschen Orden fassten im 13. Jh. Domi­nikaner, Franziskaner und der Magdale­nenorden in Mühlhausen Fuß. Der Heilige Hermann steht stellvertretend für diese Zeit hoher geistiger und wirtschaftlicher Blüte. Sowohl die Pest um 1325 als auch der moralische wie wirtschaftliche Verfall innerhalb der Kirche schuf die Situation, in der Thomas Müntzer 1525 den bisherigen Machthabern seinen "Ewigen Rat" entgegensetzen konnte. Das Scheitern des Bauernkrieges bei Bad Frankenhausen, die damit verbundene Not der Bürger zusammen mit dem reformato­rischen Aufbruch polarisierte die Bürgerschaft. Reformations­freundliche und katholische Bürgervertretungen wechselten ein­ander im Rathaus ab. Mit dem Superintendenten Hieronymus Tilesius, der auf Empfehlung Philipp Melanchtons 1557 nach Mühlhausen kam, begann verhältnismäßig spät die Reformation Einzug zu halten. Mit einer ausgeweiteten Schulreform gewann Tilesius die Sympathien der Stadt, und die Reformation setzte sich durch. Sie schlug in konfessionalistische Intoleranz um, als 1566 die Franziskanische Barfüßerkirche als letzter Ort katholischen Gottesdienstes geschlossen wurde.
 
Für die Widersprüchlichkeit dieser Zeit steht die Geschichte von Liborius Wagner. 1593 in Mühlhausen geboren und in der Divi Blasii Kirche getauft, wurde er später im Umfeld der Jesuiten­patres in Würzburg katholischer Pfarrer von Altenmünster und in den Wirren des 30-jährigen Krieges wegen seines Bekenntnisses zur katholischen Kirche ermordet. Sein Martyrium steht noch heute für Gewissens- und Religionsfreiheit, aber auch für die Notwendigkeit, die Grenzen zwischen den Konfessionen der Christen abzu­bauen.
 
Nach der Schließung der Kornmarktkirche dauerte es knapp 300 Jahre, ehe die katholischen Christen wieder in Mühlhausen Fuß fassen konnten. Zum einen waren es im Ort stationierte Soldaten, zum anderen Arbeiter aus dem Eichsfeld, die nach katholischem Gottesdienst fragten. Auch die preußische Verwaltung, die seit 1802 in Mühlhausen die öffentlichen Dinge führte, wollte allen religiösen Gruppen gerecht werden. Nachdem es nicht gelang, die Jakobikirche zu Überneh­men, baute die 1849 gegründete katholische Missionspfarrei im Jahre 1851 die Bonifatiuskirche am Blobach. Der im Jahre 2002 renovierte Fachwerkbau wurde im 19. Jh. mehrfach erweitert und wird auch heute noch von der Katholischen Kirchengemeinde St. Josef und dem dazugehörenden Kindergarten genutzt.
 
Die Industrialisierung brachte in der zweiten Hälfte des 19. Jh. einen Bevölkerungsanstieg in Mühlhausen mit sich. Die Anzahl der katholischen Christen stieg an und damit der Wunsch, eine größere Kirche zu bauen.