Baugeschichte der St. Josefkirche  
 
Die Baugeschichte begann 1884 mit der Bildung eines Kirchbauvereines. Die Kirchengemeinde legte sich dabei eine freiwillige Kirchensteuer auf, der katholische Verein "Constantia" bildete hinzukommend einen eigenen Fond. Der Dichter des Eichsfeldliedes Hermann Isecke stiftete den Erlös seines schriftstellerischen Schaffens zum Kirchbau, andere Einzelspenden kamen hinzu. Besonders verdient um den Bau der Kirche hat sich der damalige Pfarrer Dechant Heinrich Gleitz gemacht, der zwischen 1886 und 1915 der Kirchengemeinde vorstand. Sein Grab befindet sich links vom Haupteingang unter den großen Linden.
  
Im Jahre 1900 erwarb die Kirchengemeinde den Bauplatz in der Waidstraße. Bereits Ende 1902 schloss der Diözesanbaumeister Arnold Güldenpfennig aus Paderborn seinen Bauplan für den Neubau der katholischen Kirche in Mühlhausen ab. Am 14. Juli 1903 wurde die Grundsteinlegung der Kirche gefeiert, wie es in Stein gemeißelt unter­halb des Ostfensters bestätigt ist, ab 1905 die Kirche bereits von der Gemeinde für Gottesdienste genutzt, auch wenn die Konsekration durch Bischof Dr. Wilhelm Schneider aus Paderborn erst am 5. August 1907 vollzogen wurde. Mit der Kirche wurden zugleich das Pfarrhaus und die Kaplanei gebaut. Somit erhielt die neue Pfarrkirche zwischen Bahnhof und Innenstadt ihre besondere architektonische Einbindung. Schmuckelemente der Kirche waren die Steinbalustrade zwischen Mauerschluss und Dach, die allerdings in den 1970er Jahren abgetragen wurde, und das auf­wändig gestaltete Westportal, der Haupteingang der Kirche. Dort begrüßen die vier abendländischen Kirchenväter die Gläubigen. Diese sind von links gesehen: der Hl. Augustinus mit bischöfli­chem Gewand und dem Herzen auf der Mitra, der Hl. Hieronymus mit dem Kardinalshut, der Hl. Gregor der Große mit der Tiara, der dreifachen Papstkrone, und der Hl. Ambrosius im bischöflichen Gewand mit dem Kreuz auf der Mitra. Im Tympanon über der Eingangstür sind Jesus am Kreuz mit Maria und Johannes dargestellt. Ebenfalls ein architektonisches Kleinod ist die Darstellung der Schmerzensmutter über dem Südportal. 
  
Die damalige Innen­gestaltung war vor allem von den neogotischen Fenstern und dem Hochaltar geprägt, dessen zentrale Reliefs mit den Darstellungen der Verkündigung an Maria und der Emmausbegegnung heute die Außenwand des Beichtstuhls in der Südapsis zieren. In der Vierung standen für die Kinder doppelseitig nutzbare Bänke, sodass bei der Predigt auf der damaligen Kanzel an der zweiten rechten Säule die Kinder sich zum Prediger umdrehen konnten. Die Innen­gestaltung zog sich über mehrere Jahrzehnte hin. Die erst 1934 erfolgte Ausmalung mit der Darstellung der 14 Nothelfer, der zwölf Apostel und des Liborius Wagner in der Nord- und Südapsis ist heute nicht mehr erhalten.  
 
 
Mit dem Bau der St. Josefkirche wechselt auch das Patrozinium der Kirchengemeinde vom Hl. Bonifatius zum Hl. Josef, dem Patron der Arbeiter. Die von auswärts zugezogenen katholischen Christen, die in Mühlhausen Arbeit fanden, hatten jetzt in Josef einen passenden Fürsprecher. Die 1903 auf über 2 000 Mitglieder angewachsene Gemeinde schuf sich mit der St. Josefkirche und ihrem 52 m hohen Kirchturm ein unübersehbares Bauwerk. An Selbstbewusstsein hat es in diesen Jahren nicht gefehlt. Die Entscheidung zu einem neogotischen Baustil mit den auffällig großen und vielen Fenstern erzählt von einer Generation, die sich nicht hinter Mauern verschließen wollte, sondern den Kontakt in die Stadt hinein suchte, die sich aber auch in der Kontinuität der großen gotischen Stadtkirchen und deren Glaubenstradition sah. lm Jahre 1962 erfuhr die St. Josefkirche eine vollständige Umgestaltung. Ziel der damaligen Renovierung war es, den Kirchbau als Raum des Gottesdienstes stärker hervorzuheben und alles schmückende Beiwerk herauszunehmen. Ein Großteil der Heiligenfiguren verschwand, die neogotischen Kirchenfenster durch die jetzige Rautenverglasung ersetzt und die Hoch- und Seitenaltäre samt Holzkanzel abgebaut. Unter der Leitung des Kirchenarchitekten Heinrich Gerlach aus Dingelstädt wurden Altartisch. Taufstein. Kanzel und Tabernakelsockel im ortsüblichen Travertinstein neu gestaltet und durch eine breite Treppenanlage erhöht. lm Zentrum des Ostchores stand allein der Altartisch, der es dem Priester nun ermöglichte, die Heilige Messe mit dem Gesicht zum Volk hin zu feiern. Ein neuer Tabernakel entstand, und 1966 bekam die Kirche in dem Altarkreuz der Erfurter Künstlerin Hildegard Hendrichs ihr neues zentrales Bildwerk. Das Ostfenster wurde zugemauert, um das Gegenlicht zu mindern.

Nachdem durch den Einbau der neuen Orgel in der Nordapsis 1981 ein bedeutsamer architektonischer Einschnitt geschehen war, erhält die St. Josefkirche im Jahr 2001 ihr "drittes Gesicht". Der Altarraum wird in die Vierung gezogen, die Stühle vor der Orgel und die Bänke der rechten Kirchenseite zum Altar hin gewendet. Der Tisch des Herrn bildet somit optisch einen neuen Mittelpunkt des Kirchenraumes. lm Kreuzungspunkt der vier Glassteine im Altar sind Reliquien des sel. Liborius Wagner eingesetzt, hinzukommend be­finden sich Reliquien der hl. Eoban und Adolar sowie der hl. Modesta und Walburga in der Altarplatte. Münzen und andere Zeitzeugnisse aus dem Renovierungsjahr 2001 sind in der ersten Altarstufe versenkt. Die rotflammende Gestaltung des Vierungsgewölbes über dem Altar wirkt wie ein schützender Baldachin. Mit dem Vorziehen der Altarzunge wird es möglich, als Gemeinde um den Altar herum Gottesdienst zu feiern. Andererseits nimmt die Neugestaltung alte Tempeltraditionen auf: Vom Haupteingang gesehen strukturiert sich die Kirche in den Raum des Volkes mit den dazugehörenden Bänken, in der Vierung in den Raum des Opfers bzw. der Liturgie und in dem goldumrandeten lichtdurchfluteten Ostchor in den Raum des Allerheiligsten, dem Gott vorbehaltenen Ort. Die Neugestaltung unter dem Architekturbüro Rangen und Partner mit Herrn Riethmüller als bauleitendem Architekten und Frau Körber als beglei­tender Künstlerin hat zum Ziel, die St. Josefkirche nicht nur als gottesdienstlichen Funktionsraum zu sehen, sondern als einen Ort der Begegnung zwischen Gott und Mensch. Dieser Gedanke wird immer wieder architektonisch durchgespielt. Der einheimische Travertinfußboden zum Beispiel steht für die Menschen, die hier leben. Der in dieser Gegend fremde Basaltlavastein auf der Altarzunge steht für Jesus Christus, der am See Genezareth auf solch einem Stein gelaufen ist. Ein Originalbasaltstein aus dem jüdischen Chorazin ist unterhalb des Tabernakels eingelassen.  
 
Der Gedanke der Begegnung zwischen Gott und den Menschen wird ebenfalls in der Linienführung von Taufstein, Altartisch, Tabernakel und neugestaltetem Ewigen Licht aufgenommen. Alles läuft auf das wieder geöffnete Ostfenster zu mit der täglich auf­gehenden Sonne als dem zentralen Symbol der Auferstehung Jesu. Auf diesem Hintergrund sind die fünf neuen Chorfenster das zentrale Kunstwerk in der neugestalteten St. Josefkirche und eine Einladung, über Gottes Gegenwart und des Menschen Sehnsucht zu meditieren.